Origen s-a născut pe la anul 185 la Alexandria, în Egipt, într-o familie creștină. Tatăl său, sfântul Leonida, care a fost martirizat sub împăratul Septimius Severus în anul 203, și care i-a fost primul său învățător, i-a insuflat gustul pentru citirea și studierea Sfintei Scripturi, gust pe care l-a păstrat întreaga viață. În cursul persecuțiilor creștine sub Septimius Severus, din anii 202-203 și-a dorit să fie și el martir, dar datorită mamei sale, care i-a ascuns îmbrăcămintea, nu a putut părăsi casa și în acest fel a fost salvat de la moarte. Și-a completat studiile intelectuale cu neoplatonicul Ammonius Saccas, iar cele teologice cu Clement Alexandrinul. Manifestă multe asemănări cu filosofii neoplatonici, cu Plotin chiar, existând argumente care pot duce la concluzia că Origen și Plotin au fost elevi ai aceluiași maestro. Era un tânăr genial și entuziast. Avea o inimă înfocată, unde ardea dorința de știință, de ascetism și de martiraj. Cel care descrie cel mai bine aspect din viața acestui mare teolog al Bisericii primitive este istoricul bisericesc Eusebiu de Cezareea.